La causa fue rechazada por la antigua conformación del Tribunal por lo que la organización presentó ante la Corte Suprema de la Nación un recurso de queja, donde se resolvió anular la sentencia del TSJ neuquino y devolver la causa para que se dicte un nuevo fallo.

La Confederación Mapuche planteó la inconstitucionalidad del decreto Nº 1184/02 que reglamenta la ley provincial Nº 1.800, normativa que a su vez adhiere la ley nacional Nº 23.302, sobre política indígena y apoyo a las comunidades aborígenes, la cual ya estaba reglamentada por la autoridad de aplicación nacional.

La organización expresó en su recurso de queja ante la Corte Suprema que en el decreto provincial se pretende reglamentar una normativa nacional, lo que excede su competencia por ser facultad exclusiva del Presidente de la Nación.

Asimismo, en el voto disidente de la jueza de la Corte Suprema, Carmen Argibay, se expresó que la Confederación "advirtió que el gobierno provincial no tuvo en cuenta que la ley 23.302 ya se encontraba reglamentada, por la autoridad competente para hacerlo, de un modo sustancialmente distinto al que resulta del decreto cuya inconstitucionalidad se solicita".

Además, manifestó que el decreto local modificó la Ley Nacional al crear una autoridad de aplicación distinta y un registro provincial paralelo, desconociendo las personerías otorgadas por la Nación e incluyendo distintos requisitos para obtenerla en la Provincia.

"Un decreto de este tipo se tiene que hacer con participación de las comunidades indígenas, con una consulta previa", señaló uno de los dos abogados de la Confederación que inició la causa, Juan Manuel Salgado.

"El decreto es un disparate porque pretende reglamentar una Ley Nacional ya reglamentada, además la altera porque modifica el criterio de cómo se identifica a un pueblo aborigen, el reconocimiento externo", agregó.

La causa fue presentada en conjunto con Mariano Mansilla, el otro asesor legal de la Confederación Mapuche. Salgado señaló que el decreto cuestionado "establece requisitos que son contrarios a la Ley Nacional Nº 23.302 y al Convenio sobre Pueblos Indígenas y Tribales 169 de la Organización Internacional del Trabajo (OIT)".

La sentencia de la Corte Suprema que rechazó el fallo del TSJ sobischista fue en junio de 2009 y contó con los votos de Ricardo Lorenzetti, Elena I. Highton de Nolasco, Carlos Fayt, Enrique Petracchi, Juan Carlos Maqueda y Raúl Zaffaroni. Carmen M. Argibay fue la única magistrada que votó en contra de la nulidad de la sentencia por considerar que "el decreto ha sido impugnado en abstracto".

"El tema es que este decreto que realizó Sobisch está dirigido únicamente al pueblo mapuche, no a cualquiera, porque es en el único caso en que la Provincia no reconoce personerías jurídicas que otorga Nación", dijo Salgado.