Las miradas estuvieron puestas sobre los imputados desde los albores del juicio. En el Tribunal Oral Federal (TOF) no había antecedentes de un proceso oral por delitos de lesa humanidad que sentara 44 sospechosos en el banquillo (tres de ellos fueron separados al inicio del debate por cuestiones de salud o porque debían afrontar otros tribunales). A fines de agosto de 2012, el TOF ordenó la detención y el traslado a cárceles de los imputados que no estaban tras las rejas para garantizar que presenciaran el debate. Del total, 31 están alojados en el penal de Villa Urquiza. Por problemas de salud, ocho siguen el debate desde el hospital de la cárcel de Ezeiza (Buenos Aires) y dos cuentan con prisión domiciliaria.

Nunca antes se había juzgado a un grupo tan heterogéneo, que incluye mandos medios de diversas fuerzas de seguridad y civiles que, se sospecha, podrían haber actuado en los centros clandestinos de la Jefatura y el Arsenal. Por primera vez, también hay mujeres. Entre los ex uniformados hay 15 ex policías, 15 ex militares y siete ex gendarmes. Mientras que los civiles son el escribano Juan Carlos Benedicto, el sacerdote José Mijalchyk y el personal de inteligencia del Ejército Guillermo López Guerrero. Si bien María Elena Guerra es ex policía, está imputada por la presunta usurpación de la casa de un matrimonio de víctimas. La Fiscalía y las querellas pidieron penas duras; la Defensa, la absolución de todos.