El edificio tiene problemas de humedad y, como consecuencia de los últimos movimientos sísmicos, se observaron microfisuras y roturas en las paredes y techos. También se pudo ver un desplazamiento en las tejas los techos.

En el interior se puede ver a simple vista el deterioro de la pintura de los murales, producto de la humedad que afecta las paredes y en el arco triunfal que recibe a la cúpula, una fisura pequeña.

Estos problemas fueron planteados por la Comisión Nacional de Museos, Monumentos y Lugares Históricos, sede en Salta, en el informe que se realizó en diciembre de 2011, luego de la inspección edilicia del templo.

El informe fue enviado a la Comisión Nacional de Museos, Monumentos y Lugares Históricos de Buenos Aires hace más de un año, para que ésta lo revise y apruebe. Según el arquitecto Mario Lazarovich, delegado provincial de la Comisión, el organismo aprobó dicho informe y fue enviado a la Secretaría de Obras Públicas de la Nación, quien se encarga de aprobar los proyectos y emitir el dinero para las obras.

Por su parte, el arquitecto Mario Demergassi, director nacional de Arquitectura del Distrito Noroeste, aseguró que fue enviado el informe pero no el proyecto de obra, por lo tanto hasta que no se presente el proyecto el Estado nacional no enviará los fondos.

La elaboración del proyecto depende del DePAUS, Programa de Preservación del Patrimonio Arquitectónico y Urbano de Salta, o, en su defecto, de la Secretaría de Obras Públicas de la Provincia.

Por otro lado, Demergassi explicó que desde el año 2003, durante la gestión del ex presidente Néstor Kirchner, la Nación dejó de ser el único responsable de la conservación de los patrimonios históricos y compartió esta responsabilidad con las provincias y municipios del país, es decir, Nación envía el dinero para las obras pero los estados locales realizan el proyecto, la licitación y la rendición contable de los gastos.

El Gobierno nacional solo supervisa la obra y constata que los gastos sean coherentes con el presupuesto presentado.

A su vez, el sacerdote Marcelo Singh, vicario y vocero de la Catedral, dijo que “desde hace 20 años que no recibimos dinero del Estado nacional para el mantenimiento y conservación de la Basílica y todo lo que hacemos es por las donaciones de los fieles”. Por su parte, Demergassi ratificó que hace dos décadas el gobierno central no envía fondo para restaurar el edificio.

La última refacción que se le realizó a la Basílica Mayor fue durante la gestión de Juan Carlos Romero con dinero del Estado provincial, pero solo se trabajó en la fachada del inmueble.

Para el arquitecto Demergassi, es urgente arreglar los problemas que afectan a la Catedral porque la humedad siguen avanzando y deteriorando los techos y los frescos de las paredes, generando un mayor deterioro a medida que pasa el tiempo.

El arquitecto también remarcó que ninguno de los propietarios de los edificios declarados monumentos históricos “realiza los mantenimientos mínimos, por ejemplo la limpieza de canaletas o cambio de tejas rota, tareas que son responsabilidad de los propietarios. Estos pequeños problemas traen grandes inconvenientes edilicios con el tiempo”.