El Consejo Federal Pesquero fue creado por la Ley 24922 Régimen Federal de Pesca, aprobada el 9 de diciembre de 1997. Esta Ley fue reglamentada por el Decreto 748/99 el 14 de julio de 1999. Entre algunas de sus funciones está la de la política pesquera nacional; la política de investigación pesquera; la captura máxima permisible por especie, teniendo en cuenta el rendimiento máximo sustentable de cada una de ellas, según datos proporcionados por el Inidep. Además establecer las cuotas de captura anual por buque, por especie, por zona de pesca y por tipo de flota.

También debe aprobar los permisos de pesca comercial y experimental; asesorar a la autoridad de aplicación en materia de negociaciones internacionales; planificar el desarrollo pesquero nacional; fijar las pautas de coparticipación en el Fondo Nacional Pesquero; dictaminar sobre pesca experimental; establecer derechos de extracción y fijar cánones por el ejercicio de la pesca; modificar los porcentajes de distribución del Fondo establecidos en el inciso "c" del artículo 45° de la presente ley.

En otras de las funciones se destacan la de reglamentar el ejercicio de la pesca artesanal estableciendo una reserva de cuota de pesca de las diferentes especies para ser asignadas a este sector; establecer los temas a consideración del Consejo Federal Pesquero que requieran mayoría calificada en la votación de sus integrantes.