La sospecha de la existencia de tumbas comunes con detenidos desaparecidos durante el proceso militar en la zona del cementerio del Norte conocida como cementerio Jardín (en los fondos del predio), se remonta a la década del 70, pero formalmente comenzó a ser analizada en los tribunales federales en 2004. En ese año, el entonces juez federal Felipe Terán (luego fue destituido) y el fiscal federal Emilio Ferrer, realizaron una inspección ocular en el lugar, tras la denuncia de una persona que trabajó en el cementerio en 1976.

En 2005, el entonces secretario de Derechos Humanos de la Provincia, Bernardo Lobo Bugeau, denunció formalmente ante Terán que había fosas comunes en el terreno municipal, a partir de precisiones brindadas por Maximiliano Burckwardt, producto de una investigación personal. Sin embargo, ninguna de estas dos causas prosperaron. Hace tres años, el peronista disidente, Enrique Romero, abrió un expediente judicial en el despacho de Jorge Parache (después renunció al cargo de magistrado), y a partir de entonces comenzaron las excavaciones y la intervención del Equipo Argentino de Antropología Forense (EAAF), cuya reputación internacional la ubica entre los grupos de mayor prestigio en el mundo en los exámenes de compatibilidad biológica y determinación de identidad de desaparecidos. En esa oportunidad, al frente de los trabajos estuvo el antropólogo Carlos Somigliana.

El informe de la EAAF en el cual se determina la identidad de los restos de Juan Carlos Aguirre fue firmado por Mercedes Salado Puerto y por Pablo Gallo. Este último profesional suscribe también las conclusiones respecto de Guillermo José Ernst, junto con Anahí Ginarte.