La fiscalía atribuye a Fujimori haber autorizado la aplicación de nueva una estrategia antisubversiva, que incluyó la formación de un "escuadrón de la muerte" denominado "Destacamento Colina", compuesto por agentes del Servicio de Inteligencia del Ejército (SIE). Este organismo formaba parte del Servicio de Inteligencia Nacional (SIN), que controlaba el ex asesor presidencial Vladimiro Montesinos con el consentimiento del ex jefe de Estado. "Colina" asesinó en Lima a 25 supuestos integrantes de Sendero Luminoso, en noviembre de 1991 y julio de 1992. Durante el juicio se comprobó que no eran senderistas. Por casi cuatro horas, el primero y tres de abril, Fujimori tuvo la oportunidad de ofrecer su autodefensa ante el tribunal que lo juzga por homicidio calificado, lesiones graves y secuestro. El ex mandatario, en lugar de responder a las acusaciones de la fiscalía, prefirió soltar un discurso político justificando la estrategia antisubversiva con la que, según él, pacificó el país.

"Hemos presentado al menos 500 evidencias documentales, más de 60 testigos y alrededor de 50 registros periodísticos de las declaraciones de Fujimori, evidencias en que se sustenta la acusación", dijo a Clarín el fiscal Avelino Guillén, implacable magistrado que en varias oportunidades hizo callar y quitar la sonrisa del rostro a Fujimori recordándole que era un acusado: "Nosotros tenemos la convicción de que el tribunal condenará al ex presidente", indicó.

Fujimori atacó a Guillén al momento de sustentar su defensa. Dijo que el fiscal no había presentado un solo documento en el que se indicaba que el ex jefe ordenaba matar a 15 pobladores de Barrios Altos y a un profesor y nueve estudiante de la universidad La Cantuta. "Lo que hizo Fujimori fue autorizar una nueva metodología para combatir a la subversión y ésta era la guerra sucia", dijo el fiscal Avelino Guillén: "Y la guerra sucia es la eliminación de presuntos subversivos. Ese método lo aplicó el 'Destacamento Colina', que fue diseñado y organizado por Vladimiro Montesinos, asesor personal de Fujimori. En consecuencia, Fujimori tuvo dominio de un aparato de poder y el jefe operativo de ese aparato era Montesinos".