Avistada en 1520 por la expedición de Magallanes, quien la llamó Bahía de los Trabajos Forzosos, su colonización se produce recién el 15 de julio de 1884 cuando a bordo del vapor francés Loire hace su arribo el capitán Antonio Oneto escoltado por la nave inglesa Scotia.

Entre el grupo de colonos que llegaron con Oneto figuran Guillermo Jenkis, Rosa Viricat, Francisco Patella, Constantino Martínez, quienes se refugiaron primeramente en las ruinas del Fuerte Español distribuyéndose luego por la zona de los cañadones, otros como los Jenquis en la margen sur de la Ría y las restantes familias se establecieron en lo que hoy es el pueblo de Tellier, ubicado a 18 kilómetros de Puerto Deseado sobre la ruta 281.

La colonización no fue fácil, numerosos son los testimonios que relatan la crudeza de aquellos años, aunque pese a las inclemencias del tiempo y las enfermedades que agobiaban a los pocos habitantes que se habían establecido, Puerto Deseado comenzó a levantarse como un pequeño caserío, y ya en 1906 comienza a formarse institucionalmente con la creación de la subdelegación de Prefectura.

Sin embargo, lo que definitivamente marca el puntapié del progreso es el inicio del tendido de las vías del ferrocarril Puerto Deseado-Las Heras ocurrido en 1909. En ese marco se va sucediendo la llegada de inmigrantes de distintas partes de Europa en busca de un porvenir mejor, entre los que se destacan los yugoslavos con su habilidad característica para pulir y picar la piedra que luego será la impronta que caracterice las construcciones de la época, entre las que se destaca la emblemática estación del Ferrocarril, edificio actualmente convertido en museo que despierta la admiración de miles de turistas que visitan la ciudad en la temporada estival.

Actualmente, Puerto Deseado es una pujante ciudad enclavada en el desembocadero de la Ría que cuenta aproximadamente con 8.000 hectáreas, de las cuales aproximadamente 400 corresponden al casco urbano que está formado por manzanas cuadradas que en forma de abanico se pliegan sobre la ría, cuya costa está ocupada hacia el este por la zona industrial pesquera, y hacia el sur, por el club Náutico, el muelle y la zona portuaria.

La ciudad se destaca por su relieve irregular y rocoso con calles que se ensanchan y se angostan, y con viviendas levantadas en distintos puntos panorámicos.

La población cuenta prácticamente en su totalidad con una completa infraestructura de servicios (gas, red de agua, red cloacal, alumbrado público) que hacen de esta ciudad un lugar privilegiado.

Puerto Deseado posee un muelle de singulares características con una importante terminal portuaria que es la mayor riqueza del lugar; donde recalan barcos de gran porte que generan una significativa actividad económica, puesto que la mayoría de la población vive de la pesca. Cuenta además con una plazoleta fiscal que consolida productos que luego serán exportados a distintas partes del mundo.

Se encuentran radicadas en la ciudad 10 empresas pesqueras, la mayoría dedicada a la pesquería del langostino, y como una manera de potenciar la actividad y brindar un servicio a la flota pesquera, un parque de servicios y astillero Coserena donde precisamente se terminó de construir el primer barco íntegramente armado en la Patagonia, el Tabeiron II y el primer muelle flotante destinado a la Armada.

Si bien Puerto Deseado se encuentra a 117 kilómetros de la ruta 3, numerosos turistas de todas las latitudes se llegan al lugar ya que esta localidad además de contar con lugares de singular belleza ha crecido en cuanto a infraestructura turística en los últimos tiempos poniendo en relieve su principal atractivo que es la Ría Deseado, una entrada al mar donde habitan diversos tipos de fauna como los lobos de dos pelos, los cormoranes, la tonina overa y el pingüino de penacho amarillo que puede ser divisado en verano desde la mítica Isla Pingüino.