En su momento, en 2006, el Ministerio de la Producción desplazó a la APA de todo tipo de intervención en estos temas, a partir del convenio celebrado con la Asociación Chaqueña de Productores de Arroz. Así, el directorio del organismo provincial salió a desmentir las denuncias efectuadas por el delegado gremial de UPCP en la APA, Guillermo Müller.

No obstante, obra en el organismo todo lo actuado en función de las responsabilidades que le otorga el Código de Aguas (ley provincial 3230). Del mismo modo, el directorio se pregunta si las declaraciones del delegado gremial "tienen por objetivo aportar a la solución del problema o deslindar responsabilidades que no fueron asumidas por quien está designado provisoriamente en el área de Medio Ambiente".

En cuanto a la información del funcionamiento interno del organismo, por primera vez desde que la APA fue creada se elaboró y aprobó un organigrama y se organizó que las muestras ingresen en el laboratorio del organismo a través de un control más estricto, para que se lleve un monitoreo más preciso.