El 23 de febrero de 1822, fue nombrado el primer capitán del Puerto del Uruguay, José María Urdinarrain. Por tal motivo, esa fecha ha sido aprobada como la de la creación de la prefectura de Concepcion del Uruguay y hoy se celebra el 189º aniversario de la Institución en nuestra ciudad.

Si bien no hay antecedentes precisos de la creación de la Capitanía del Puerto de Concepción del Uruguay, se puede establecer con certeza que ya el 23 de febrero de 1822, en el cargo de Capitán del Puerto del Uruguay, se desempeñó José María Urdinarrain.

El 22 se junio de 1854 el gobierno de la Confederación Argentina, pone bajo su órbita a todos los puertos, aduanas y capitanías; excepto la de Buenos Aires. Con fecha 31 de enero de 1882 y por Decreto de ese año, se cambia la denominación de Capitanía de Puerto por el de Prefectura Marítima, pasando las Dependencias a denominarse Subprefecturas y/o Ayudantías.

Concepción del Uruguay, recibe la denominación de Subprefectura del Uruguay. La construcción del edificio que ocupa actualmente, se realizó en virtud de la Ley Nº 1259/82 de fecha 30 de Octubre de 1882. La obra fue adjudicada a Idelfonso Casanova, para los Edificios de Aduana y Subprefectura. Estos fueron inaugurados el 7 de diciembre de 1887, con la presencia del Presidente de la Nación Miguel Juárez Celman y el prefecto general de puerto Carlos Alberto Mansillla, siendo jefe de la Subprefectura el coronel graduado José María Cordero (h).

Desde el 1 de enero de 1970 la Subprefectura Concepción del Uruguay pasó a denominarse Prefectura Concepcion del Uruguay. Cabe destacar que tanto el edificio de la Prefectura de Puerto, como su gemelo el de la actual Aduana, fueron declarados por Ordenanza Municipal Nº 4161 de fecha 23 de Octubre de 1996, “Edificios de valor patrimonial”.