En la apertura del juicio oral, el abogador defensor, Gonzalo Martínez Fresneda, cuestionó la validez de las acusaciones porque "no cumplían las exigencias legales mínimas" y contenían una "alta carga ideológica", por lo que "debieron ser anuladas". Sumado a ello, el abogado de Garzón remarcó que el juez instructor Luciano Varela no sólo les dio "una segunda oportunidad" a los denunciantes, sino que los ayudó, "iniciativa que no tiene precedente".

Entre otros argumentos para solicitar la nulidad del juicio, el letrado se refrió al "sesgo peyorativo" del escrito de procesamiento, a que todas las pruebas solicitadas por Garzón fueron denegadas y a que las tesis del magistrado sobre el franquismo "se defienden alrededor del mundo".

Por su lado, la Fiscalía del Tribunal Supremo apoyó a la defensa y también solicitó la nulidad "radical" del proceso y el sobreseimiento de la causa, tras afirmar que los escritos de las acusaciones "debieron ser rechazados" y que "Garzón sufrió indefensión". "La actuación del magistrado instructor es insólita e insostenible", señaló el fiscal Luis Navajas, quien consideró que sería "bochornoso" que un tribunal extranjero viniera después a decirnos que no "hemos sido imparciales y que se han vulnerado derechos fundamentales".

El juez español, de 56 años, se enfrenta a la pena máxima de 20 años de inhabilitación prevista por prevaricato (dictar a sabiendas una resolución injusta) al haberse declarado competente en 2008 para investigar más de 100.000 desapariciones forzadas del franquismo en el marco de "crímenes de lesa humanidad".

La querella contra Garzón fue interpuesta por la organización ultraderechista Manos Limpias, y luego se sumaron otros dos grupos de corte fascista, Libertad e Identidad y el partido Falange Española de las JONS, aunque éste último fue expulsado del proceso por defectos de forma de la acusación.