La resolución de la Corte dejó a Rodríguez en condiciones de ser juzgado, luego de que la sala II de la Cámara porteña le revocara una falta de mérito y ordenara su procesamiento en julio de 2008. La Corte rechazó la queja contra la resolución de la Cámara por entender que no se trata de una "sentencia definitiva" -aún queda el juicio por delante-, y dejó firme el procesamiento.

En la misma causa también están procesados la ex secretaria de Medio Ambiente, María Julia Alsogaray, y el ex ministro de Justicia, Raúl Granillo Ocampo, entre otros funcionarios menemistas. En cambio quedó desvinculado el ex ministro de Economía, Domingo Felipe Cavallo.

Para el procesamiento se tuvo en cuenta una declaración testimonial del ex presidente Fernando de la Rúa, quien explicó al juez de instrucción, Jorge Ballestero, que luego de asumir ordenó cesar con los "pagos a funcionarios con fondos reservados" que según él realizaba la Secretaría de Inteligencia del Estado (SIDE).

Ex ministro de Educación de La Pampa, ex diputado nacional y ex ministro de Educación de la Nación, Rodríguez -que nunca volvió a La Pampa- negó haber pagados sobresueldos durante su gestión como jefe de Gabinete (1996-1999). En un primer momento fue sospechado de haberse beneficiado con esos dineros públicos, aunque después lo procesaron porque supuestamente repartió los fondos públicos.Cuando Ballestero le preguntó por el tema, él se defendió: "El Jefe de Gabinete tiene la atribución discrecional de distribuir partidas, pero no sabe cuál es el uso que dará a los fondos quien recibe ese dinero. La imputación que se me ha hecho es la de usar fondos reservados para el pago de sobresueldos, y en esa función nunca tuve fondos reservados". Su argumento no convenció a los camaristas.

Rodríguez está procesado en otras dos causas por beneficiar a la empresa Aeropuertos Argentina 2000 y por administración infiel, está investigado por enriquecimiento ilícito, y en 2007 poseía 24 inmuebles, entre ellos nueve campos.