En una resolución, la 271/08, se menciona una serie de presuntas irregularidades en torno a las condiciones de acceso al permiso que concedió a la institución el organismo educativo: entre ellas, la falta de acreditación del domicilio donde funcionaría el establecimiento, la "omisión de elementos probatorios respecto a la solvencia económica integral del Cedep" y la "ausencia del personal docente comprometido" para dictar las clases. En otro de los considerandos, Ruiz cuestiona que la gestión de la ex subsecretaria de Educación, Mara Álvarez, "sin acreditar la urgencia necesaria", incorporó, "por firma rápida", sin consultar al resto de los vocales, a la enseñanza oficial al mencionado instituto.

Las fuentes del CPE y del gobierno consultadas manifestaron que hay dos vías por las que se busca revertir la resolución que implica que desde la gestión de Álvarez se paguen los salarios de los docentes: por un lado, la vía de sumarios administrativos internos, y por otro, la presentación de una acción de lesividad en la Justicia. De tener un resultado favorable, esto le permitiría al CPE anular un acto administrativo que convalidó años atrás.

La abogada del Cedep, Natalia Vélez, registra en su currículum haber sido apoderada del CPE durante la gestión de Álvarez. Informó que tres instancias judiciales impidieron que el Consejo quitara la ayuda a la institución. El TSJ confirmó un fallo anterior, donde una resolución, la 02/2007 firmada por Ruiz, declaraba la nulidad de una norma previa, la 2032, que "transfiere" cargos del sistema público al Cedep. Desde la subsecretaría de Educación se informó que la posibilidad de insistir ante la Justicia con una acción de lesividad, sería para dejar constancia de que las presuntas condiciones de desigualdad en que la institución recibe el respaldo, generaron un perjuicio.

Pese a que todavía no circularon nombres, se informó que de forma interna también se habilitaron sumarios administrativos por el otorgamiento del permiso para funcionar al establecimiento.