La estructura orgánica funcional presentada por el EPAS incorpora dos gerencias generales, tres gerencias y cinco subgerencias a las ya existentes. Desde el EPAS sostienen que esta nueva estructura tiene como fin otorgar mayor operatividad al organismo, jerarquizar los servicios en las localidades y, así, optimizar la prestación.

Los empleados del ente denunciaron que el nuevo organigrama atenta contra el Convenio Colectivo de Trabajo, ley 2564, ya que ninguno de los nuevos cargos fue concursado. También, denunciaron el "incumplimiento por parte del ejecutivo de un acuerdo establecido el 30 de noviembre de 2010, en el que se comprometían a hacer la presentación de la planta funcional ocupada del organismo". El secretario de comunicación de ATE, Pablo Azúa, consideró que "hay que presentar la planta funcional ocupada y que se sepan verdaderamente cada uno de los cargos que se están ocupando en el organismo, que personas los están ocupando y que funciones cumplen".

Azúa, comentó que el personal operativo no es suficiente. "Actualmente tenemos una sola cuadrilla operando en la zona oeste donde hoy se radica el 40% de la población de la ciudad de Neuquén". Comentó que se realizó un concurso para el ingreso de 18 nuevos operarios.