Durante la época de la colonia española el país se pobló de ganado vacuno el cual era cazado por los indios nativos que luego vendían el cuero, ya que en esos momentos no había suficiente consumidores para su carne. A este tipo de cacería se la denominaba "vaquería" y existían diferentes permisos para poder realizarla. En cierto momento, los indios cazaban indiscriminadamente por lo que el virreynato comenzó a levantar fuertes por diferentes lugares del interior de lo que hoy es la Provincia de Buenos Aires con la intención de contener la caza de vacuno y los ataques de los malones. Tanto el virreynato como algunos gobiernos posteriores tuvieron la intención de establecer un fuerte en la región de El Potroso, actual ciudad de Junín, pero nunca se realizo.

La fundación del mismo puede decirse que tuvo sus inicios en septiembre de 1926 cuando asume la presidencia de la nación Bernardino Rivadavia quien emite un decreto para la construcción de tres fuertes. Pero recién en agosto de 1927 comienza a materializarse esta nueva conquista. Es allí cuando se designa la misión de levantar el fuerte a Bernardino Escribano quien el 27 de diciembre de 1827 acampa junto a su tropa en la actual plaza 25 de mayo.

El fuerte tenia alrededor de 1000 m2 y abarcaba el área delimitada actualmente por las calles Narbondo, Moreno, Alvarez Rodriguez y Benito de Miguel. En el interior del Fuerte se alojaba el personal militar, los civiles, sus familias, el ganado caballar del regimiento y algunos vacunos para la alimentación. Existía una calle principal que lo recorría desde la puerta principal de la guardia (inmediaciones de la actual Plaza 9 de Julio) hasta la Plaza de Armas (actual Plaza 25 de Mayo). Esta calle es la actual XX de Septiembre, uno de los vestigios que ha quedado como mudo testigo del Fuerte Federación.

Con respecto al nombre de Junín, como se conoce actualmente a la ciudad, puede decirse que fue en el año 1854 cuando se creo el partido. Luego de sufrir diferentes cambios de nombre debidos a las situaciones políticas por la que atravesaba el fuerte en 1865 se procedió a efectuar la mensura del tejido y traza del pueblo de Junín. Nuestra ciudad lleva este nombre en honor al soldado Isidoro Suárez que en una oportunidad supo contener un levantamiento militar y el cual había participado en la Batalla de Junín por el liberamiento del Perú.