Una buena parte de la colección sustraída del museo fue hallada en la vivienda porteña de Gorletti, por lo cual sus defensores Jorge Anzorregui y Marcos Juárez plantearon un “incidente de excepción de incompetencia”, que fue tratado en la Sala A de la Cámara Federal de Apelaciones. El Dr. Carlos Julio Lascano presidió el tribunal, que estuvo integrado además por los Dres. Ignacio María Vélez Funes y José Vicente Muscará.

Los abogados de Gorletti citaban la sentencia del Juzgado Federal Nº 1, dictada el 20 de julio de 2012 que dispuso “...declarar la incompetencia territorial de este Juzgado Federal Nº 1 para entender en la presente causa y remitirla al Sr. Juez titular del Juzgado Federal de turno de Capital Federal”. Se escucharon los informes orales del fiscal General ante la Cámara Federal, Dr. Alberto Lozada, de los mismos abogados defensores y del abogado querellante particular Dr. Eduardo Garbino Guerra, en representación de la Asociación Civil Amigos del Museo Arqueológico Ambato.

Luego de los informes, el Tribunal dispuso por unanimidad “declarar la competencia en razón de la materia de la Justicia Federal para intervenir en las presentes actuaciones” y “declarar su competencia territorial para continuar a cargo de la investigación judicial, por cuanto el hecho ilícito principal motivo de la causa, se habría consumado en el ámbito territorial de su jurisdicción, siendo la conducta presuntamente ilícita atribuida al imputado Goretti accesoria y derivada del mismo”.