De acuerdo a la demanda presentada en la Justicia Federal por la asociación civil Cuenca Río Paraná, los efluentes cloacales sin tratamiento son portadores de bacterias, como por ejemplo la escherichiacoli, y de hongos que provocan distintas enfermedades. Pero también hay estudios que advierten sobre la presencia residual de fármacos de consumo generalizado que representan un riesgo para el equilibrio de los ecosistemas acuáticos.

Además, advierte que si bien los efluentes cloacales domiciliarios no deberían presentar metales pesados, "el inadecuado manejo que Aguas Santafesinas hace de sus vertederos, sumado a la falta de controles eficaces, permite la incorporación de contaminantes como cromo y mercurio en el cauce del río".

La construcción de una planta para el tratamiento de los residuos cloacales está prevista en el plan estratégico de la ciudad correspondiente al año 2008 y en el Plan Ambiental Rosario presentado en el año 2016.

Allí se considera que "una de esas fuentes contaminantes son los efluentes cloacales que, de manera formal o clandestina, se vierten cotidianamente sobre los cursos de agua'' y propone "la construcción de obras e infraestructura, como ser plantas de depuración de líquidos cloacales, que permitan el tratamiento de los líquidos cloacales previo a su descarga".

En ambos documentos se advierte que "estas plantas no sólo contribuirán a reducir la aparición de enfermedades de origen hídrico, sino que preservarán el río como fuente de agua potable y espacio de recreación''.